FlexS

Opis

FlexS przewiduje konformację i orientację jednego z ligandów względem drugiego. W FlexS zakłada się, że ligand odniesienia jest sztywny, dlatego powinien być podany w konformacji podobnej do stanu związanego. Algorytm superpozycji w FlexS wymaga jedynie niewielkiej interwencji ręcznej. Możesz zintegrować tę wiedzę z obliczeniami za pomocą FlexS, wykonując ręcznie pojedyncze kroki. Dlatego FlexS jest przeznaczony do interaktywnej pracy na parach ligandów, a także do wirtualnego skriningu opartego na ligandach. Dwa główne zastosowania FlexS to superpozycjonowanie ligandów (np. dla CoMFA/QSAR) i wirtualne przesiewanie. Jeśli masz białko i małą cząsteczkę wiążącą się z nim (tzw. ligand referencyjny), ale nie masz struktury białka, możesz przyjąć strukturę referencyjną jako negatywny odcisk palca miejsca aktywnego. FlexS określa podobieństwo między testem a strukturą referencyjną, dopasowując je. W wirtualnym badaniu przesiewowym masz ligand referencyjny i zestaw związków i jesteś zainteresowany ustaleniem priorytetów związków do testów eksperymentalnych.