RAPTOR

Opis

RAPTOR to innowacyjne oprogramowanie przeznaczone do dokładnego przewidywania struktury białek. Łączy zaawansowane narzędzia analityczne w jednym zintegrowanym rozwiązaniu programowym i zapewnia trzy różne metody gwintowania. Unikalne podejście do optymalizacji programowania liczb całkowitych w programie RAPTOR jest najbardziej efektywne w wyszukiwaniu szablonów struktur obiektów docelowych o niskiej homologii sekwencji i umożliwia generowanie modeli o wysokiej jakości. Łatwy w użyciu interfejs i łatwe do zrozumienia wartości E są idealne dla początkujących i ekspertów. Przede wszystkim intuicyjne wyświetlanie wyników umożliwia użytkownikom łatwe zrozumienie wyników. Biorąc pod uwagę sekwencję białka docelowego, jeśli istnieje białko homologiczne o znanej strukturze 3D, można je znaleźć za pomocą narzędzi do wyszukiwania sekwencji, takich jak PSI-BLAST, również dostarczonych w RAPTOR. Struktura celu jest następnie budowana ze znanej struktury; jednakże, gdy homologia sekwencji nie jest znacząca, tj. mniej niż 25%, PSI-BLAST nie może uzyskać pewnego trafienia. W przeciwieństwie do PSI-BLAST, który po prostu wyszukuje sekwencję, nitkowanie białek, rozpoznawanie fałdów, wykorzystuje zarówno informacje o homologii, jak i strukturze. Skanuje sekwencję białek o nieznanej strukturze w bazie danych znanych struktur. Wykorzystując funkcję punktacji i przeprowadzając analizę zgodności między strukturami trójwymiarowymi i liniowymi sekwencjami białek, zostanie zidentyfikowany najlepszy szablon strukturalny, z którego można zbudować strukturę sekwencji. W rezultacie, nitkowanie białek daje lepsze przewidywanie niż modelowanie homologii, gdy występuje marginalna homologia sekwencji.