ZOOM Lite

Opis

ZOOM Lite to oprogramowanie do sekwencjonowania mapowania i wizualizacji danych nowej generacji. Użytkownicy wprowadzają genomy referencyjne, a pliki z krótkim odczytem Illumina/Solexa lub przestrzeń kolorów AB SOLiD odczytuje pliki w różnych formatach, takich jak * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta itp. ZOOM wyświetla wyniki mapowania tych krótkich czyta na sekwencji odniesienia. ZOOM Lite ma szybkie i dokładne jądro mapowania oparte na nowo zaprojektowanej teorii wielu rozstawionych nasion. Obsługiwane są zarówno odczyty z jednego końca, jak i z parami o różnej długości od 15 bp do 240 bp. Dozwolona jest dowolna liczba niedopasowań i jedna insercja/delecja o różnych długościach między odczytanym a jego regionem docelowym w sekwencji odniesienia. Wyjątkowo odwzorowane wyniki lub najlepsze (najwyższe N) wyniki dla każdego odczytu będą zgłaszane zgodnie z minimalnymi niezgodnościami i długością indel. Wyniki jakości są wykorzystywane do zwiększania dokładności mapowania. Bazując na jądrze mapowania, ZOOM Lite umożliwia użytkownikom ładowanie lokalnych odczytywanych danych i danych sekwencji odniesienia, wybieranie odpowiednich parametrów, przetwarzanie dużych ilości danych równolegle między maksymalnie czterema procesorami, monitorowanie wykonywanych zadań, przechowywanie wyników mapowania, przeglądanie wykresów wyniki mapowania i wyniki mapowania wyjściowego w formatach * .BED lub * .GFF do dalszych pomiarów z wykorzystaniem informacji o ścieżce przeglądarki UCSC. Wyniki mapowania można przeglądać w dowolnej skali, od wykresu głębokości odczytu na całym chromosomie do szczegółowych dopasowań sekwencji między odczytami a sekwencją odniesienia. Użytkownicy z łatwością przechodzą do interesujących ich regionów za pomocą klikania i przeciągania lub przewijania. ZOOM Lite jest pochodną oprogramowania ZOOM Studio.